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南京师范大学研究生教育起步于20世纪50年代，著名苔藓专家陈邦杰教授招收了我校历史上第1名研究生。1978年，南京师范大学成为全国首批恢复招收研究生的高校之一。1981年，南京师范大学被国务院学位委员会批准为具有博士、硕士学位授予权的单位。1996年，南京师范大学进入国家“211工程”重点建设大学行列，研究生教育进入了一个崭新的发展时期。1997年学校成立研究生处（党委研究生工作部），主要承担和组织全校学位与研究生教育工作；2003年，改建为研究生部（党委研究生工作委员会）；2011年，成立研究生院。截止到2019年3月，共授予博士学位3008名，硕士学位42116名。在校研究生共11245人，其中学术型6502人，专业型4743人；博士研究生1323人，硕士研究生9922人。
改革开放以来，南京师范大学学位与研究生教育事业得到了较快的发展，学科专业领域和研究方向得到不断拓宽，逐步形成了自己的特色。目前拥有博士学位授权一级学科25个，博士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）1个，硕士学位授权一级学科40个，硕士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）2个，博士专业学位类别1个，硕士专业学位类别19个。学科已涉及除军事外12个门类。拥有国家“双一流”建设学科1个、国家重点学科6个、国家重点（培育）学科3个，江苏高校优势学科14个，江苏省一级学科重点学科13个。6个学科在全国第四轮学科评估中进入A类，7个学科跻身ESI全球前1%。
“ 十五”以来，南京师范大学在努力扩大研究生招生规模的同时，狠抓培养质量，取得了较好成效。获得国家级研究生教学成果奖二等奖3项，学位与研究生教育学会研究生教育成果奖一等奖1项、二等奖2项，江苏省研究生教学成果奖11项。全国百篇优秀博士学位论文4篇，全国百篇优秀博士学位论文提名论文7篇，学位与研究生教育优秀博士学位论文1篇，江苏省优秀博士学位论文72篇，江苏省优秀硕士学位论文198篇，全国教育硕士优秀学位论文21篇。江苏省优秀研究生课程20门，江苏省研究生双语教学改革试点课程4门。江苏省优秀研究生工作站8个，全国教育硕士专业学位研究生联合培养示范基地3个。江苏省研究生教改重大项目3项、重点项目14项、一般项目57项。研究生积极参与各级各类学术科技竞赛并取得了优异成绩，在全国大学生挑战杯、研究生数学建模等大赛中共获得全国一等奖14人次、二等奖77人次、三等奖及赛区奖144人次，在 江苏省研究生科研创新实践大赛中获得省一等奖8项、二等奖11项， 暑期社会实践调研报告获省级以上奖励20项。 研究生就业率也一直保持在90%以上，用人单位对我校的毕业生给予了高度的关注和评价。
南京师范大学学位与研究生教育将紧密围绕学校发展目标和任务要求，大力加强内涵建设，改革管理运行机制，实施学位授权点动态调整，创新培养模式，提高培养质量，促进学校办学水平和核心竞争力的提升。