1、从办学时间和院校风格来说，复旦MBA相对来说办学时间久一些，比较注重文科
2、交大MBA综合性更强，创业氛围比较浓厚，偏理工科多一点，制造业、电子信息行业或想创业的考生较多
3、从面试难度上来说，复旦MBA和交大MBA在提前面试上形式略有区别，复旦MBA对于面试优秀名额没有名额限制，只要你符合面试优秀的标准即可给出在职班C线，且复旦是上海唯一一所自主划线院校，无论何时面试都是一样的标准；交大MBA则对于面试优秀名额有着名额限制，一般情况下不超过总体报考人数的30%，因为交大面试优秀线就是国家东部线，需要通过控制面试名额来控制录取人数，所以越早面试越好
4、从录取差异上来说，复旦MBA在面试的时候给出了A/B/C线，如果联考笔试过了复旦自划的分数线，即可直接录取；而交大如果不是C线，则需要进行排名，相对来说，拿到非C线的淘汰率会更大一些
5、另外复旦没有复试，而交大不管是什么线资格录取，都需要参加复试，复试就是政治笔试，往年交大MBA在政治复试阶段还会淘汰一批考生