一、两者编制不同
公务员编制属于行政篇，工资是由国家财政全额支付，一般各级地方人民政府及各职能部门、地方人民政府各职能管理机构等均属于公务员部门。
事业单位编制属于事业编制，事业编制又分为3种。
1.全部编制，并全额编制财政支出项目，完全依靠国家财政支出的单位，比如图书馆、文化馆、公营学校、党校、文件局、环境保护所、疾病控制中心等均编制事业单位。
2.差额事业的编制、差额金的分配单位的人员费由国家财政支出，其他费用由自己筹措资金，从财政支出差额，举个例子，比如公立医院、公立大学等属于差额事业篇元。
3.自荐事业的编制、这样的编制单位年的全部支出，包括房租、工资等行政支出，实际上与企业基本相同，服务型的事业单位多，例如政府部门进行的酒店、印刷厂、公证所、测量所、计划院等属于个体经营部门。
因此，从整体来看，公务员编制比事业单位编制更稳定。
二、两者工资不同
公务员的工资收入和享受的福利保险按照《国家公务员管理条例》的规定执行、发放，并根据当地具体财政状况进行调整，一般来说，同类型的行政编制公务员的收入比事业单位高。
事业单位人员的工资收入一般不会接受国家控制的约定，各事业单位根据市场状况决定，其次，事业单位人员享受的保险福利按照国家有关的社会保障规定执行。
全额的抽屉、差额的支出、自己编制单位的性质不同，收入也不同，一般来说最好的是全额的钱，但是像医院这样的差额分配单位每年的工资也比当地的公务员高，所以事业篇不一定比行政篇低。
三、晋升的机制不同
因为公务员升职机会大，公务员升职走等级，从事务员、科员、科级、处级、厅级、部级、国家级逐步上升，另外，公务员可以向事业所申请调动工作，一般事业所的定员通过公务员考试进入党政府机关，公务员选拔的门槛只限于基层公务员和参公事业编制人员，一般事业编制不能参加选拔。
事业单位的晋升机制相对不同，事业单位属于行政机关下的二级单位，所以晋升的机会很少，事业单位的晋升是职称，事业单位分为管理职和技术职，管理职从1级分为5级，最低水平是1级，最高水平是5级，技术职是1级到13级，最低水平是13级，最高水平是1级。
所以，关于晋升，公务员相对来说比事业单位更好。
四、两者考试的内容也不一样。
想成为公务员的方式有四种，参加国家考试，参加省考试（市考试），进行选拔和选拔，公务员的招生考试通常由省级公务员局统一组织，必要时下岗为地级市一级组织。
例如2019深圳市公务员考试笔试科目就是根据工种设置，公共科目的笔试是“行政职业能力考试”和“申论”，其中综合管理人员要测试“申论类”，行政法执行类、监狱戒毒管理机关的警察要测试“申论类”，财务会计、信息化、城市规划、审计专业、行政执法、监狱戒毒管理机关警察等职位加专业课笔试。
因此，公务员和事业单位的考试考试方向不同。