1.马相伯，在任时间1905-1906；1910-1912
马相伯（1840年4月7日—1939年11月4日），原名马志德，圣名若瑟，又名钦善、建常、绍良，字斯藏，又字相伯、湘伯、芗伯，以字行，别署求在我者，晚号华封老人。祖籍江苏丹阳，生于丹阳马家村（今江苏丹阳），中国著名教育家，震旦大学、复旦大学、复旦中学、向明中学创始人兼首任校长，爱国人士，耶稣会神学博士。杰出教育家蔡元培、民国高官于右任、邵力子为其弟子。
2. 严复，任期1906-1907
（1854年1月8日—1921年10月27日），原名宗光，字又陵，后改名复，字几道，汉族，福建侯官县人，近代极具影响力的资产阶级启蒙思想家，著名的翻译家、教育家，新法家代表人物。
3. 夏敬观，任期1906-1909
（1875年-1953年），近代江西派词人、画家。
4. 高凤谦， 任期1909-1910
（1870-1936）号梦旦。著名教育家和出版家。1893年任浙江大学总教习。1894年赴日任留学监督。回国后曾任上海商务印书馆国文部长、编译所所长、出版社长、复旦公学监督等职。译有《日本法规大全》，编有《辞源》等。 他是我国著名文学家和翻译家郑振铎的岳父。
5. 李登辉，任期1913-1936（不是台那个～，同名）
（1872-1947），我国近代著名教育家，复旦大学老校长（1913年~1936年），字腾飞，福建同安人，出生于荷属爪哇岛（今印尼），印尼第七代华裔，毕业于美国耶鲁大学。他为复旦大学所培养的学生多学有所成，其中担任大学校长的至少有二十六人，这在中国近现代教育史上是绝无仅有的，在世界教育史上也极为罕见，他被世人誉为“人伦师表”，为维持和发展复旦大学作出了巨大贡献。
6. 唐元湛，任期1918（代理）
（1861-1921）号路园，广东香山人。1873年6月作为第二批留美幼童之一，赴美留学。回国后，曾任邮政总局提调、邮政总局上海分局总办、上海电报局局长、上海商业银行常务董事等职，1918年任复旦大学代理校长。
7. 郭任远，任期1924-1925（代理）（1898年-1970年8月14日），男，广东潮阳县铜钵盂村人，早期激进的行为主义者。郭任远在20世纪20年代挑起了关于本能问题的论战，轰动了美国心理学界。此后他提出心理学应该以人类或动物的行为或动作为研究对象，坚决主张抛弃心理学中一切主观性的名词术语，被称为“超华生”的行为主义者。
1922年回国后致力于中国心理学启蒙和发展活动，被称为“中国的华生”。
8. 钱新之，任期1936-1940（代理）（1885-1958），名永铭，字新之，以字行，晚号北监老人。原籍浙江吴兴（今湖州），生于上海。民国时期江浙财阀的代表人物之一。
9. 吴南轩，任期1940-1942
（1893年-1980年）江苏仪征人，心理学家，国立清华大学校长、国立复旦大学校长。
10. 章益，任期1943-1949
（1901～1986），男，字友三，安徽滁州人。早年就读于上海圣约翰大学附属中学。1922年毕业于上海复旦大学，成绩列当年文科毕业生第二名，获金质奖章。至1924年，在复旦大学附中任英文教员。民国32 年至民国38 年任复旦大学校长。
11. 张志让，任期1949-1952
（1893年12月28日—1978年4月26日），中国当代著名法学家、法学教育家。江苏省武进县人。
12. 陈望道，任期1952-1977
（1891年1月18日－1977年10月29日），男，汉族，中共党员，浙江金华义乌人。我国现代著名的思想家、社会活动家、教育家和语言文学家，五四新文化运动的积极推动者。
13. 苏步青，任期1978-1983
（1902年9月23日—2003年3月17日），浙江温州平阳人，祖籍福建省泉州市，中国科学院院士，中国著名的数学家、教育家，中国微分几何学派创始人，被誉为“东方国度上灿烂的数学明星”、“东方第一几何学家”、“数学之王”。
14. 谢希德，任期1983-1988
（1921年3月19日—2000年3月4日），福建泉州人，固体物理学家、教育家、社会活动家，中国科学院学部委员（院士）、第三世界科学院院士，复旦大学原校长，上海杉达学院原校长。
15. 华中一，任期1988-1993
（1931年2月—2007年4月25日），男，中国共产党党员，1931年2月生，江苏省无锡市人，教授。1951年毕业于交通大学物理系。曾任复旦大学校长。曾任复旦大学教授、博士生导师，中国真空学会名誉理事长、中国仪器仪表学会副理事长、上海市电子学会理事长、上海市真空学会理事长，国际真空科学技术与应用协会(IUVSTA)执行委员。
16. 杨福家，任期1993-1998
祖籍浙江镇海，民国二十五年（1936年）6月11日出生于上海，核物理学家、教育家，中国科学院学部委员（院士），国际欧亚科学院院士，发展中国家科学院院士，复旦大学教授，上海建桥学院名誉院长。
17. 王生洪，任期1999-2009
我国著名教育家，科学家，曾荣获国家科技进步－等奖。江苏南通人。
18. 杨玉良，任期2009-2014
1952年11月生于浙江省海盐县，教授，博士，中共党员，国际著名的科学家、教育家，中国高分子化学领域的首席科学家，国家重大基础研究“攀登计划”高分子凝聚态物理基本问题专家组首席专家，中国科学院院士。
19. 许宁生，任期2014-至今
1957年7月出生于广东普宁，籍贯广东澄海，真空微纳电子学家，中国科学院院士、发展中国家科学院院士，曾任中山大学校长。现任复旦大学教授、校长。#复旦大学#u0002