二级调研员和三级调研员都是公务员的职级，两者最大的区别就是前者享受正处级的工资待遇，而后者享受副处级的工资待遇。二级调研员和三级调研员在设置比例和晋升难度上也有较大的区别。
现在，公务员有职务和职级两个序列。职务序列大家都比较熟悉，这里就不做介绍。职级在厅局级以下设置，其中，科员级设置有一、二级科员，主任科员级设置有一、二、三、四级主任科员，调研员级设置有一、二、三、四级调研员，巡视员级设置有一、二级巡视员。二级调研员和三级调研员同属于调研员级，处在职级系列的中等偏上位置。
公务员的职级与公务员的职务层次有对应关系。二级科员对应办事员级，一级科员对应科员级，三、四级主任科员对应副科级，一、二级主任科员对应正科级，三、四级调研员对应副处级，一、二级调研员对应正处级，二级巡视员对应副厅级，一级巡视员对应正厅级。由此可见，二级调研员属于正处级，而三级调研员属于副处级，两者不属于同一职务层次。
公务员的工资待遇主要与公务员的职务和职级挂钩。二级调研员是可以享受正处级的工资待遇，而三级调研员只能享受副处级的工资待遇。三、四级调研员和县处级副职同属于副处层次，他们的工资待遇关系为：四级调研员<县处级副职<三级调研员。有些人由此把四级调研员称为“小副处”，把三级调研员称为“大副处”。一、二级调研员和县处级正职同属正处级，他们的工资待遇关系为：二级调研员<县处级正职<一级调研员。有些人由此把二级调研员称为“小正处”，把一级调研员称为“大正处”。“小正处”二级调研员和“大副处”三级调研员的工资差距并不是很大，大约在300元左右。
二级调研员的可设置比例要明显小于三级调研员。在县乡机关，二级调研员能够设置的最高比例是不超过综合管理类公务员的2%，而三级调研员则可以设置不超过机关综合管理类职位数量的4%。在市级机关，二级调研员最高可以设置为机关综合管理类公务员的8%，而三级调研员最高可以设置为机关综合管理类公务员的20%。在省级机关和中央机关，对二级调研员和三级调研员没有分开设置比例，一至四级调研员的设置比例，最高不能超过45%和65%。
由上面各机关二级调研员和三级调研员的最高设置比例，我们也可以知道，二级调研员和三级调研员的晋升难度是完全不一样的。在省级机关和中央机关，大多数人都能够晋升到三级调研员和二级调研员，甚至晋升到一级调研员也没有问题，个别还可以晋升到一、二级巡视员。在市级机关，晋升三级调研员就比较困难，50个人当中最多只能晋升10个，而晋升二级调研员，则50个人当中最多也只有4个能够得到晋升。在县乡机关，晋升三级调研员，50个人当中最多只能晋升2个，而晋升二级调研员，则50个人当中最多也只有1个能够得到晋升，难度不是一般地大。
综上所述，二级调研员和三级调研员都是公务员的职级，但二级调研员属于正处级，可以享受正处级的工资待遇，而三级调研员对应副处级，只可享受副处级的工资待遇。二级调研员在市级机关和县乡机关的设置比例要远远低于三级调研员的设置比例，所以晋升的难度也要大得多。